Обычно мышь используется только в графических приложениях, таких как X. Тем не менее, имеются несколько приложений в системе Linux, которые используют мышь и не ассоциируются ни с одной графической программой.
Система Linux поддерживает стандартные мыши с последовательным интерфейсом, такие как Logitech, MM, Mouseman, Microsoft (2-кнопочная), Mouse Systems (3-кнопочная). Система Linux поддерживает также мыши с интерфейсом PS/2, а также мыши, подключаемые к шине материнской платы (bus mouse): Microsoft, Logitech, ATIXL.
Также в системе Linux должны работать устройства, эмулирующие мышь: трекболы (trackballs) и сенсорные панели (touchpads).