Довольно часто системы Linux и MS-DOS используются на одном и том же компьютере. Многие пользователи системы Linux для работы, например, с текстовыми редакторами обращаются к системе MS-DOS. В системе Linux есть аналоги соответствующих программ, однако могут существовать причины использовать систему MS-DOS наряду с системой Linux. Если, например, диссертация набрана в формате WordPerfect для MS-DOS, может оказаться трудно конвертировать ее в TeX или любой другой формат. Многие коммерческие приложения для системы MS-DOS еще не имеют своих аналогов для системы Linux, но это не значит, что нельзя использовать обе системы.
Система MS-DOS не полностью использует функциональные возможности процессоров Intel 80386 и 80486. Напротив, система Linux работает исключительно в защищенном режиме процессора и использует все возможности этого режима. Можно напрямую обращаться ко всей имеющейся памяти (и вне ее, используя виртуальную оперативную память). Система Linux предоставляет пользователю полный интерфейс системы UNIX, которого нет в системе MS-DOS. Достаточно просто будет разработать и перенести приложения для системы UNIX в систему Linux, в то время как в системе MS-DOS реализована только часть возможностей системы UNIX.
Система Linux и MS-DOS различны по своей природе. Операционная система MS-DOS является недорогой по сравнению с другими коммерческими операционными системами и занимает прочное место в мире персональных компьютеров. Ни одна другая операционная система для персональных компьютеров не достигла уровня популярности системы MS-DOS, поскольку оправдать приобретение другой операционной системы ценой порядка тысячи долларов для большинства пользователей нереально. В тоже время операционная система Linux распространяется свободно, и у пользователя наконец появился шанс сделать выбор.
При сравнении систем Linux и MS-DOS исходить нужно из потребностей и ожиданий конкретного пользователя. Операционная система Linux подходит не всем. Однако для тех пользователей, которые всегда хотели эксплуатировать полную систему UNIX на персональном компьютере и не желали тратить большую сумму денег на другие реализации системы UNIX для персональных компьютеров, Linux может оказаться той системой, которую они искали.